Die Darstellung der Binnenstrukturen der Prostata gelingt nur mit der MRT, die auch die Frage beantworten kann, ob ein bösartiger Tumor auf die Drüse beschränkt ist oder die Kapsel durchbricht. Die CT ist geeignet, die Umgebungsstrukturen der Prostata zu beurteilen und nach Streuherden bei einem Prostatakarzinom zu suchen.

Die MRT ist die Methode der Wahl, um die Samenbläschen bei der Suche nach einem entzündlichen oder tumorösen Prozeß zu beurteilen.

Tumore und entzündliche Prozesse von Hoden und Penis können sowohl mit dem Ultraschall als auch mit der MRT nachgewiesen werden. Ökonomische Aspekte sprechen für die Ultraschalldiagnostik. Nur bei offenen Fragen wird ergänzend auf die MRT zurück gegriffen.

Die Tumornachsorge bei Hodentumoren kann sowohl mit der CT als auch mit der MRT erfolgen. Da von diesen Tumoren häufig jüngere Männer betroffen sind, bietet die MRT hier den Vorteil der fehlenden Strahlenbelastung.